スミヨシです。
血液培養陽性の反応があったけど、グラム染色が陰性、の鑑別を昔ボスに教えていただいたことがあります。
・白血球増多
・菌量が少なすぎて見えない
・染色性の低い菌：マイコプラズマ，カンピロバクター，ブルセラ，抗酸菌
（CUMITECH 1C血液培養検査ガイドラインなどから）
そんなに出会わないですがコンタミ、偽陽性とも限らないので注意が必要です。
血液培養のStaphylococcus lugdunensisは要注意
ただ、CNSの中でも、S.aureusと同様に毒性の強い菌がいますが、知っていますでしょうか？